Myöhempien Aikojen Pyhien Jeesuksen Kristuksen Kirkolla on nyt virallinen seurakunta Makedonian tasavallassa. Skopjen lähetysseurakunta muodostettiin kirkon Adrianmeren eteläisen lähetyskentän johdolla, joka käsittää Albanian, Makedonian ja Kosovon alueet.
”On hämmästyttävää nähdä kirkon kasvavan niin monilla alueilla maailmaa”, sanoi James Swineford, Skopjen ensimmäinen seurakunnanjohtaja. Hänen ensimmäiseksi neuvonantajakseen on kutsuttu Elmaz Arif. Skopjen seurakunnan sunnuntaikokoukset pidetään hotelli Arkassa.
Kirkko aloitti vuonna 1997 Makedoniassa humanitaarisen työnsä ja on sen jälkeen avustanut orpokoteja, sairaaloita, näkövammaisia, romaniyhteisöä ja muita. Kirkko on ollut yhteistyössä Punaisen Ristin, Caritas-järjestön, Montessoriliiton, romaninuorisoseuran ja muiden hyväntekeväisyysjärjestöjen kanssa. Kirkolla on myös makedonialainen verkkosivusto, ja kirkko auttaa kristittyjen lähetyssaarnaajien palvelutyötä Makedoniassa.
Vuosina 2007, 2010 ja 2013 Myöhempien Aikojen Pyhien Jeesuksen Kristuksen Kirkon edustajat ovat osallistuneet uskontojen ja sivilisaatioiden kesken käytävän vuoropuhelun maailmankonferenssiin, joka pidetään Makedoniassa joka kolmas vuosi. Tämän valtiovallan edustajien, uskonnollisten tahojen ja tiedeyhteisön kokoontumisen järjestäjänä toimivat Makedonian tasavallan hallitus sekä Yhdistyneiden kansakuntien kasvatus-, tiede- ja kulttuurijärjestö (UNESCO).
Myöhempien Aikojen Pyhien Jeesuksen Kristuksen Kirkko on toiminut Balkanilla yli sadan vuoden ajan. Ensimmäiset mormonilähetyssaarnaajat saapuivat Balkanille vuonna 1899. Jugoslavian hallitus tunnusti kirkon virallisesti vuonna 1975. Makedonian irtauduttua Jugoslaviasta kirkkoa pyydettiin anomaan virallista tunnustusta uudelleen Makedonian tasavallalta, ja se myönnettiin vuonna 2011.
Erittäin tunnettu balkanilainen mormoni oli aikanaan Krešimir Ćosić, kirkon omistaman Brigham Youngin yliopiston kroatialainen opiskelija ja koripalloilija, josta tuli kirkon jäsen. Vuonna 1980 Ćosić johti Jugoslavian joukkueen kultamitalisijalle vuoden 1980 Moskovan olympialaisissa.