Myöhempien Aikojen Pyhien Jeesuksen Kristuksen Kirkon korkein hallintoelin on ensimmäinen presidenttikunta, jonka muodostavat presidentti ja hänen kaksi neuvonantajaansa. Tämä kolmimiehinen elin johtaa koko kirkon työtä kaikissa menettelytapoihin, organisaatioon ja hallintoon liittyvissä asioissa.
Toiseksi korkein johtava elin kirkon hallinnossa on kahdentoista apostolin koorumi. Apostolit palvelevat ensimmäisen presidenttikunnan johdolla, ja heillä on painavia hallinnollisia tehtäviä valvoa kirkon suunnitelmallista edistymistä ja kehitystä kaikkialla maailmassa. Myöhempien aikojen pyhät pitävät ensimmäistä presidenttikuntaa ja kahtatoista apostolia profeettoina, jotka saavat jumalallista ilmoitusta ja innoitusta kirkon johtamiseen.
Uuden presidentin nimittäminen kirkossa tapahtuu hyvässä järjestyksessä – merkittävä seikka nykyajan maailmassa – niin että kaikenlainen sisäinen aseman tai arvojärjestyksen lobbaaminen vältetään. Tässä jäsenten jumalallisena ilmoituksena pitämässä menetelmässä ei kampanjoida sen enempää kulissien takana kuin julkisestikaan.
Lisäksi tämä menetelmä ohjaa muutakin kuin kirkon organisaation rakennetta. Kirkkoon syvästi juurtuneena perinteenä on, että on sopimatonta tavoitella johtajuutta millään tasolla. Sen sijaan tähdennetään henkilökohtaista kelvollisuutta ja nöyrää auliutta palvella kutsuttaessa.
Kun kirkon presidentti kuolee, tapahtuu seuraavaa:
1. Ensimmäinen presidenttikunta hajoaa automaattisesti.
2. Kaksi neuvonantajaa ensimmäisessä presidenttikunnassa palaavat omalle virkaikänsä osoittamalle paikalleen kahdentoista apostolin koorumissa. Virkaikä määräytyy sen mukaan, milloin henkilö on asetettu kahdentoista koorumiin, ei iän mukaan.
3. Kahdentoista apostolin koorumi, jossa on nyt 14 jäsentä ja jota johtaa virkaiältään vanhin apostoli, ryhtyy johtamaan kirkkoa.
4. Virkaiältään vanhin apostoli johtaa kahdentoista koorumin kokousta, jossa harkitaan kahta vaihtoehtoista esitystä:
a. Pitäisikö ensimmäinen presidenttikunta järjestää uudelleen tässä vaiheessa?
b. Pitäisikö kirkon jatkaa toimintaa kahdentoista koorumin johdolla?
5. Keskustelun jälkeen tehdään virallinen ehdotus, ja kahdentoista apostolin koorumi hyväksyy sen.
6. Jos ehdotus ensimmäisen presidenttikunnan uudelleen järjestämisestä hyväksytään, kahdentoista apostolin koorumi valitsee yksimielisesti kirkon uuden presidentin. Uusi presidentti valitsee kaksi neuvonantajaa, ja heistä kolmesta tulee uusi ensimmäinen presidenttikunta. Kautta kirkon historian pisimpään palvelleesta apostolista on aina tullut kirkon presidentti, kun ensimmäinen presidenttikunta on järjestetty uudelleen.
7. Ensimmäisen presidenttikunnan uudelleenjärjestämisen jälkeen apostoli, joka on palvellut toiseksi pisimpään, hyväksytään kahdentoista koorumin presidentiksi. Kun toiseksi pisimpään palvellut apostoli on kutsuttu myös neuvonantajaksi ensimmäiseen presidenttikuntaan, kolmanneksi pisimpään palvelleesta apostolista tulee kahdentoista koorumin virkaa toimittava presidentti.
8. Kahdentoista koorumin presidentti yhdessä muiden apostolien kanssa erottaa kirkon uuden presidentin tehtävään* virallisella kätten päällepanemisella.
Sen jälkeen kun kirkko perustettiin virallisesti 6. huhtikuuta 1830, presidenttejä on ollut 17 presidentti Russell M. Nelson mukaan lukien.
*Kun kirkon jäsen ottaa vastaan kutsun palvella jossakin tehtävässä, hänet ”erotetaan tehtävään”. Tämä tehdään raamatullisen käytännön mukaisesti kätten päällepanemisella. Pappeusjohtaja asettaa kätensä tehtävään erotettavan henkilön pään päälle ja lausuu rukouksen myöntäen henkilölle valtuuden ja kyvyn suorittaa virkaan kuuluvat velvollisuudet ja antaen henkilökohtaisen siunauksen.